官田區辦理戶政業務，具制度化始於日治時期，台灣因中日甲午之戰（公元一八九四年）滿清戰敗，於光緒二十一年（公元一八九五年）割讓給日本，日本佔據台灣後，於明治二十九年（公元一八九六年）八月制定「台灣住民戶口調查規程」開始在台灣較大都巿辦理戶口調查；由憲兵負責辦理，至明治三十六年（公元一九０三年）制定「戶口調查規定」，始將戶籍業務移交警察辦理，惟該業務仍未全面辦理，至明治三十八年（公元一九０五年）六月日本政府以府令第三十九號訂於同年十且一日舉行台灣全島戶口調查，同年十二月以府令第九十三號頒行「戶口規則」，自明治三十九年（公元一九０六年）一月十五起施行戶籍登記制度，建立「戶口調查簿」，是為台灣戶籍資料，可供查考之伊始。
日本政府在台灣辦理戶籍採申報與調查登記制，其最初之目的，僅供維持治安用，故當時之戶籍業務由警察辦理，「戶口規則」係屬警察法規，明治三十九年官田區當時隸屬鹽水廳，分屬四堡（即支廳）管轄，官佃（含官佃、中脇）、二鎮（含二鎮、角秀）、烏山頭（含烏山頭、嘉南）、番仔田（隆田、隆本）、拔仔林、三結義（原土名埤斗）屬赤山堡、西庄（含西庄、東庄、瓦磘）屬蔴荳堡，南廍屬茅港尾東堡、番仔渡頭（含渡子頭、新中庄、三塊厝、埤寮）社仔（含西勢、舊社、中社仔、柴埔、公館、牛稠、六雙、大崎）屬善化里東堡。社仔轄之大崎部份，昭和十八年（一九四年）四月一日編入烏山頭派出所管轄。
明治四十二年（公元一九０九年）十月，行政區域重新劃分，廢鹽廳改隸台南廳，仍分屬四堡管理，至大正九年（公元一九二０年）十月一日台灣之行政組織重新改制，廢廳、堡，設州（置州廳）郡（置郡役所）街庄（置街、庄役場），官田始設庄，隸屬台南州（管轄現之台南縣巿、嘉義縣巿及雲林縣）曾文郡（管轄現之麻豆、下營、六甲、官田、大內等五鄉鎮），同時將官佃、番仔田、拔仔林、番仔渡頭、社仔改為社子、官田、番子田、拔子林、番子渡頭、、庄之下劃分為保（相當現之村里）甲（現之鄰）惟戶籍上並不採保甲劃分管理，係以部落名（同時為土地地段名稱）及土地番號順序管理。
昭和八年（公元一九三三年）頒發府令第八號，其中第一條規定：「關於本島人之戶籍暫依戶口規則之規定」，於是同為警察法規之戶口規則，遂成為戶籍法規，台灣人之本居之戶口調查簿視同法定戶籍文件，從此，台灣人始有正式戶籍，惟其業務仍由警察辦理，於警察駐在所（或派出所）置巡查，巡查補專責戶口之登記及調查工作。日據時期人民如有發生身分證記事件或住址遷徙異動，應於事件發生起十日內向保正（如今之村里長）報告，由保正以書面（訂有一定格式）向警察官史派出所（或駐在所）提出申請登記，派出所妄查接獲申請時，應實地調查以確認事實，據以整理戶口調查副簿（治安用）後，將申請書及相關文件，呈報郡役所，憑以登記於戶口調查簿（法定戶籍資料正簿），人民如應登記事件未申報，經巡查實地查察發現催告仍未申報時，得呈報知事或長認可而代為記載。人民如申需戶口抄本或印鑑證明，應向郡役所申請交付。
民國三十四年（公元一九四五年）十月二十五日台灣光復，戶籍工作仍由警察機關接管，民國三十五年一月七月日國民政府在台灣設置各級行政機關，將日治時期之州改為縣，設縣政府，郡改為區，設區署、街，庄改為鎮、鄉，設鄉鎮公所，台南巿及嘉義巿改為省轄巿，台南縣管轄範圍包括現今之雲林縣、嘉義縣、台南縣等三縣，設縣政府於新營。
官田區行政區域劃分為官田、二鎮、湖山、大崎、番仔田（民國三十五年八月改為隆田）、東庄、西庄、拔林、渡頭、社子、等十村。戶籍業務分屬四個警察分駐派出所辦理，民國三十五年四月戶籍業務由警察機關劃歸鄉鎮公所辦理，以鄉鎮長為戶籍主任（第一任為陳郁文），置幹事若干人，其中一人兼副主任（陳來照擔任），村書記兼辦戶籍登記工作，同年五月辦理戶口清查，十月一日辦理初次設籍登記至十二月完成，採戶籍卡，以一人一卡登載各人戶籍資料，一戶置於一紙袋中稱戶卡，縣政府另置戶籍副卡，以備審核國民身分證，及防止鄉鎮公所正卡毀損遺失補建之用，登記種類包括籍別登記、身分登記（包括出生、死亡、認領、收養、終止收養、結婚、離婚、監護、指定繼承）、遷徙登記。登記項目包括戶號、本人姓名、出生年月日、出生別、本籍、寄籍、父母配偶姓名、教育程度、行業、職位及身分證字號等。民國三十八年（公元一九四九年）廢鄉鎮之戶籍卡改以戶籍登記簿登記。惟縣政府戶籍副卡仍繼續使用至民國五十九年。民國三十八年八月台南縣為方便人民申報戶籍，於各分駐派出所設戶口申報處，置村戶籍員一人負責戶籍登記及調查工作。
民國三十九年（公元一九五０年）八月十六日第一五四次行政院院會通過「台灣省各縣巿行政區域調整方案」。台南縣劃分為台南縣、雲林縣、嘉義縣並廢除區級。民國四十年（公元一九五一年）依據「台灣省鄉鎮區公所組織通則」鄉公所設戶籍課，民國四十一年（公元一九五二年）一月十五日山村劃分為湖山、嘉南二村，民國四十五年（公元一九五六年）裁撤「戶口申報處」，戶政人員集中鄉公所辦理，村戶籍員改為戶籍員，民國五十八年（公元一九六九年）五月一日隆田村劃分為隆田、隆本、南廍三村。
民國五十八年（公元一九六九年）行政院頒「動員戡亂時期台灣地區戶政改進辦法」，自七月一日起試辦戶警合一成立官田鄉戶政事務所，隸屬縣警察局，同時撤鄉公所戶籍課，人員移撥戶政事務所，由鄉長兼主任（當時鄉長為謝天楷），警察副分局長兼副主任（第一任為駱清華），原戶籍課長改任秘書（陳來照擔任）。
民國六十二年（公元一九七三年）三月十二日修正「動員戡亂時期台灣地區戶政改進辦法」，正式實施戶警合一，由警譥察副分局長兼任戶政事務所主任，同年七月十七日修正「戶籍法」，明定鄉鎮戶籍登記管轄設戶政事務所，平時隸屬鄉鎮公所，動員戡亂時期，經行政院核准改隸警察局，同日將教育程度及行業職業登記列為登記事件，民國七十二年（公元一九八三年）三月十二日發布「動員戡亂時期戶政事務所組織準則」，明定戶政事務所置主任，兼警察副分局長。
民國八十年（公元一九九一年）五月一日終止動員戡亂時期。民國八十一年（公元一九九二年）五月行政院核定「戶警分立實施方案」，配合六月二十九日公布修正之「戶籍法」，自七月一日起鄉鎮戶政事務所改隸政府為附屬機關，省縣二級戶政業務改由民政單位辦理，省民政廳成立第六科，縣市民政局成立戶政課，新修正之戶籍法同時廢止本籍登記，並增列出生地為登記項目。
台閩地區自民國八十二年（公元一九九三年）七月起分三階段推廣戶役政資訊電腦化作業，第一階段台北市高雄市自八十二年七月至八十四年六月完成連線，第二階段自八十三年七月起至八十五年六月完成連線，台南縣屬第三階段，自八十四年七月開始戶籍資料清查，八十五年四月二十日戶籍資料凍結影印標符送電腦公司登打至民國八十六年（公元一九九七年）九月三十日完成連線，開啓戶政新的一頁，十一月二十九日第十三屆縣長選舉人名冊及投票通知票編造為使用電腦列印之開端。
民國八十五年一月十五日二鎮村第十四鄰原部落角秀改為程泰，民國八十六年（公元一九九七年）五月二十一日重新修正公布戶籍法，新法廢止繼承登記，行業職業及教育程度登記，增列十五歲以上人教育程度查記，是項資料僅供統計參考未具公證力。同時增列十四歲以上人口申領國民身分證應捺指紋，戶籍管轄權及戶籍登記處分由戶政事務所為之，戶籍登記申報期限由十五天修正為三十天以內為之。
民國八十七年（1998）六月十七日民法1000條修正，夫妻以保有本姓為原則，冠姓為例外。民國八十八年（1999年）五月五日因配合戶口普查工作，由內政部改為行政院主計處主辦，廢止原屬戶政法規之「戶口普查法」，同年七月一日因精減省政府業務，省民政廳第六科（戶政科）改隸內政部戶政司設「戶政人員培訓科」。
民國八十九年（2000年）二月九日全面修正國籍法，原民國十八年（1929年）二月五日制定之國籍法，子女之國籍係採父系，新法採父母雙系，同年七月五日配合精減省政府業務，修正戶籍法第二條、第五條、第五十二條，同年十二月十六日舉行第五次台閩地區戶口普查。
民國九十四年（2005）二月一日起戶政事務所，開始核發英文戶籍謄本，三月完成光復後電腦化前除戶戶籍資料數位化建置，並開放戶政事務所異地核發戶籍謄本，十二月二十一日開始第五次全面換發國民身分證，至民國九十五年十二月三十一日完成。
民國九十六年（2007）五月二十三日民法修正，結婚採登記生效制，子女從姓由父母雙方書面約定，養子女從收養者之姓或維持原來之姓，未成年養子女終止收養應經法院認可裁定。
民國九十七年（2008）五月二十三日民法修正，禁治產宣告修正為監護宣告，增訂輔助宣告，五月二十八日公布全面修正戶籍法，全文分九章八十三條，增訂未成年子女權利義務行使負擔登記（原以監護登記辦理）、輔助登記、分（合）戶登記（原以變更登記辦理）、出生地登記（原81年6月29日修正增列為登記項目）、註銷登記修正為廢止登記、出生登記申請期間三十天修正為六十天。
民國九十九年（2010）七月一日完成日據時期戶口調查簿資料，數位化建置，開放戶政事務所異地核發日據時期戶籍謄本。十二月二十五日因臺南縣市合併，原臺南縣官田鄉戶政事務所，改制為臺南市官田區戶政事務所。